Es el órgano de dirección de carácter unipersonal que ejerce la representación ordinaria del IGME, dirige su actividad científica y su gestión ordinaria.

Son funciones de la Directora:

1. Ejercer la representación ordinaria el IGME, dentro de sus competencias.
2. Apoyar a los órganos de gobierno del CSIC, prestándoles asesoramiento científico-técnico en la planificación de la actividad del organismo.
3. Ejecutar los acuerdos de la Junta y mantenerla informada de las gestiones realizadas.
4. Transmitir a todo el personal la información remitida desde la ORGC del CSIC e informar al Claustro sobre sus actividades y la gestión realizada por la Junta.
5.  Organizar la elaboración de la memoria anual de actividades del instituto, de acuerdo con las directrices fijadas por la Presidencia del CSIC.
6. Impulsar las actividades de divulgación y comunicación de la actividad del IGME.
7. Responsabilizarse de la elaboración, ejecución y seguimiento del plan estratégico del IGME y de los planes de actuación anuales.
8. Dirigir la actividad científica del IGME poniendo en marcha cuantas iniciativas sean necesarias para la mejora de la calidad de la investigación y el impacto de los resultados.
9. Facilitar e impulsar la interacción y colaboración entre grupos del instituto, la participación en PTI, redes y otras estructuras de investigación colaborativas, y el establecimiento de programas de investigación conjuntos con otros institutos del CSIC, empresas y otras instituciones, promoviendo la internacionalización de las actividades del IGME.
10. Ejercer sus competencias para la presentación de solicitudes, aceptación de subvenciones o modificación de las condiciones de su ejecución, presentación de justificaciones y documentación complementaria, formalización de contratos y conocer y autorizar, si procede, todas las solicitudes de financiación de proyectos de investigación, de infraestructuras, contratos, convenios y demás iniciativas de carácter científico y tecnológico en las que estén involucrados los miembros del IGME.
11. Velar por la correcta ejecución y justificación de los proyectos de investigación del IGME.
12. Velar por la adecuada protección de los logros científicos y tecnológicos del IGME, promoviendo su transferencia a todos los sectores socio-económicos nacionales e internacionales.
13. Nombrar a los titulares de las vicedirecciones del IGME y a los jefes de los departamentos, proponer su creación o supresión.
14. Aprobar la creación, supresión o cambio de denominación de los departamentos, u otras estructuras en las que se organice la actividad científica del IGME. Aprobar la adscripción del personal a cada una de ellos.
15. Aprobar la constitución de cada uno de los grupos de investigación del IGME, otorgando la consideración de jefe/a de grupo, así como su disolución o el posible cambio de personal de un grupo a otro.
16.  Aprobar la creación, supresión o cambio de denominación de las unidades de servicios administrativos, generales y de servicios técnicos. Aprobar la adscripción del personal a cada una de ellas.
17.  Dirigir al personal del instituto, supervisar el cumplimiento de sus obligaciones y proponer a los órganos de la ORGC las medidas necesarias para resolver los problemas que pudieran presentarse.
18. Dirigir, coordinar y supervisar todos los servicios administrativos, generales y técnicos del instituto, responsabilizándose de su gestión económica y de personal.
19. Decidir y justificar la asignación de incentivos al rendimiento o proponer su concesión.
20. Proponer la adopción de medidas disciplinarias o, en caso de faltas leves, ejercitar esta potestad.
21. Aprobar, en coordinación y con el apoyo de la Gerencia, la propuesta de presupuesto del IGME y su distribución, encargándose del seguimiento de su ejecución y planteando a los órganos competentes de la ORGC las necesidades adicionales y/o extraordinarias de financiación.
22. Asignar y desasignar espacios al personal del IGME.
23. Velar para que las instalaciones e infraestructuras del IGME y los medios de que dispone sean los adecuados para el eficaz desarrollo de sus actividades.
24. Garantizar el debido acceso, mantenimiento y correcto uso de las instalaciones y medios del IGME por parte del personal adscrito al mismo y de terceros ajenos que, previa autorización, hagan uso de ellos.
25. Velar por el correcto cumplimiento de la normativa sobre prevención de riesgos laborales en las actividades del IGME.