El C.N. IGME se estructura en cuatro grandes grupos:

• Dirección.
• Gerencia.
• Grupo científico.
• Grupo técnico.

La dirección se ocupa de establecer, trasponer y aplicar la normativa que rige el centro. Tiene capacidad de decisión al respecto de la política científica del IGME, imagen institucional, priorización de perfiles en la contratación y formación del personal… Además, representa a la institución en sus relaciones con otras instituciones a cualquier nivel.

La Gerencia se ocupa de la gestión de las cuentas del centro, así como del mantenimiento y actualización de las infraestructuras de trabajo y telecomunicaciones.

El grupo científico se integra por personal cuya labor es la investigación y la revisión de informes técnicos que el C.N. IGME está obligado a supervisar. Está compuesto por personal investigador y estudiantes en formación.

El grupo técnico lo conforma el personal con dedicación a tareas técnicas, ya sean de tipo computacional, de estudios de campo para la toma de datos y elaboración de informes, de apoyo al personal científico en algunos de sus proyectos, o que participen o coordinen en proyectos a cualquier nivel (local, regional. nacional, europeo o mundial).