Las piezas de esta colección se distribuyen principalmente en dos vitrinas que ocupan una posición central en la planta baja del museo. Consta de 161 magníficos ejemplares facetados y tallados en cabujón extranjeros y españoles. Las piezas se exhiben en dos vitrinas centrales en la sala principal del museo.
Las gemas, también llamadas piedras preciosas, pueden ser un mineral, una roca, un vidrio o producto orgánico de origen natural, que al ser cortado o pulido puede utilizarse en joyería o como material ornamental. Así, la colección del museo cuenta con minerales que frecuentemente se utilizan en joyería, como los berilos o corindones, pero también con otros materiales como tectitas, azufre o cianita. También incluye zirconitas (piedra artificial) con el objetivo de replicar ejemplares conocidos de diamante, diferentes tallas de este o bien ilustrar las diferentes fases por las que pasa este mineral hasta alcanzar la talla brillante.
Los ejemplares más significativos son la escapolita de Nampula (Mozambique), una de las tallas más grandes conocidas en el mundo para este mineral y el magnífico cabujón de esmeralda “trapiche” de Muzo (Colombia). También se muestran gemas españolas, como las amatistas de Cervera de Buitrago (Madrid), de profundo color púrpura.
La colección se completa (además de los fondos) con una vitrina que muestra tallas de minerales y rocas ornamentales situada en una esquina de la planta baja y una talla del berilo (aguamarina) de la Cantera de Puentemocha (Pereña de la Ribera, Salamanca) situada en la vitrina nº 15.