Los minerales de esta colección se distribuyen a lo largo de 27 vitrinas de la segunda planta del museo siguiendo un orden estrictamente geográfico. Los más de 2700 ejemplares expuestos además de las muestras conservadas en sus fondos, ilustran gran parte de los yacimientos clásicos españoles, así como algunos de los más recientes, gracias a las actualizaciones llevadas a cabo (publicaciones catálogos de expuestos y catálogos completos).

Debido a la naturaleza de la colección los criterios de selección de ejemplares son conseguir el mayor número de especies minerales diferentes, el mayor número de yacimientos e indicios mineros y el mejor ejemplar posible dentro de una provincia y por extensión la comunidad o ciudad autónoma a la que pertenecen.

Tienen especial relevancia ejemplares pertenecientes a la mineralogía española más conocida como por ejemplo los cinabrios de Almadén (Ciudad Real), yesos de Fuentes de Ebro (Zaragoza), plata de Hiendelaencina (Guadalajara), cobre de Minas de Riotinto (Huelva), fluorita de Caravia (Asturias), apatitos (fosforita) de Logrosán (Cáceres), Pirita de Navajún (La Rioja), etc, así como ejemplares pertenecientes a yacimientos más contemporáneos como son bavenita o stokesita de la Comunidad de Madrid, calcosina de la Mina Las Cruces (Sevilla), Moganita de Las Palmas (Gran Canaria), Abellaita de La Torre de Cabdella (Lleida), Ermeloita de Moaña (Pontevedra), etc.