La misión de la AEI es promover la investigación científica y técnica en todas las áreas del saber mediante la asignación eficiente de los recursos públicos, la promoción de la excelencia, el fomento de la colaboración entre los agentes del Sistema y el apoyo a la generación de conocimientos de alto impacto científico y técnico, económico y social, incluidos los orientados a la resolución de los grandes retos de la sociedad, y el seguimiento de las actividades financiadas así como el asesoramiento necesario para mejorar el diseño y planificación de las acciones o iniciativas a través de las que se instrumentan las políticas de I+D de la Administración General del Estado.