El desarrollo sostenible de la industria extractiva precisa de la consideración de dicha actividad en el marco de una adecuada ordenación del territorio, emplazando los centros de explotación en aquellos lugares donde sea compatible el beneficio óptimo de los recursos con la protección y conservación de nuestro medio ambiente. Con este objetivo del IGME desarrolla una línea de trabajo de ordenación minero-ambiental de la explotación de recursos minerales y rocas industriales. Los proyectos de esta línea pueden tener desde un alcance local, hasta comarcal o provincial. Los productos que se obtienen son: un Mapa de Ordenación Minero-Ambiental, donde el territorio con recursos potencialmente extraíbles se zonifica según para la explotación; el diseño de modelos de explotación de mínimo impacto ambiental y mayor rendimiento minero; y el establecimiento de criterios y modelos para la restauración de los terrenos. Para aquellas zonas con una fuerte implantación actual de la actividad extractiva, se elaboran planes directores minero-ambientales. Estos proyectos se realizan con la cofinanciación de las Comunidades Autónomas.

Por otra parte, como contribución a la adecuada gestión de los residuos mineros, necesaria para potenciar el desarrollo sostenible de la industria extractiva, el IGME realiza estudios y proyectos sobre valoración de riesgo ambiental de escombreras y balsas mineras, así como para definir las mejores técnicas disponibles en la gestión de residuos mineros.