El IGME dispone de personal altamente cualificado en investigación geoquímica aplicada, fruto de la experiencia y conocimientos adquiridos a lo largo de décadas de desarrollo de planes y proyectos de exploración e investigación de recursos minerales.

Estos equipos están desarrollando métodos de investigación geoquímica aplicados al conocimiento y caracterización medioambiental del territorio. La aplicación de estos métodos se realiza en ocasiones en paralelo con los trabajos de caracterización y recuperación de terrenos contaminados en proyectos específicos. Especial importancia tiene el desarrollo de la geoquímica ambiental urbana.